A lo largo de su carrera, Márquez disputó 432 partidos y convirtió 98 goles. Surgido de las inferiores de Unión, debutó en 2006 y tuvo dos etapas en el club de Santa Fe, donde acumuló 48 presencias y 6 tantos. Sin embargo, fue uno en particular el que lo inmortalizó en la memoria de los tatengues: el que le marcó a Emelec en Ecuador por la Copa Sudamericana 2020, que le dio a Unión el histórico pase a los octavos de final del torneo continental.
Además de vestir la camiseta rojiblanca, el delantero pasó por clubes como Defensa y Justicia, Belgrano de Córdoba, Ferrocarril Oeste, Deportivo Maipú, Atlético Grau de Perú y Johor Darul Ta'zim de Malasia. Su trayectoria fue diversa, marcada por el sacrificio y las lesiones, que en los últimos años comenzaron a condicionarlo cada vez más.
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Su último club fue Sportivo Belgrano de San Francisco, provincia de Córdoba, equipo que milita en el Torneo Federal A. Allí, el exjugador de Unión disputó 15 partidos y convirtió un gol antes de tomar la difícil decisión de retirarse del fútbol profesional.
De su debut en Unión a llevar al Tate a los octavos de final de la Sudamericana
Fernando Márquez nació en Santa Fe y desde chico soñaba con jugar en Unión. Se formó en las divisiones inferiores del club, destacándose como goleador en juveniles, y debutó en Primera el 31 de agosto de 2006 ante Olimpo. Ingresó en el segundo tiempo en un partido que finalizó con derrota, pero para él fue el inicio de un camino que tendría momentos inolvidables.
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Fernando "Cuqui" Márquez, exjugador de Unión, se retiró del fútbol.
Su primer gol llegó el 22 de febrero de 2008, en un 3-0 ante Defensa y Justicia. Sin embargo, no logró afianzarse como titular en el Tatengue en su primer ciclo. Pasó por varios equipos, creció, maduró y volvió al club que lo vio nacer.
En el 2020, el "Cuqui" retornó al club rojiblanco y escribió una de las páginas más importantes de la institución. Fue el autor de uno de los goles más improtantes de Unión nivel internacional, cuando en la Copa Sudamericana de aquel año convirtió el 2-1 para derrotar a Emelec de Ecuador y sacar pasaje a los octavos de final, instancia donde terminó cayendo ante Bahía de Brasil.
Aquella noche en tierras ecuatorianas, Fernando Márquez -a los 30 minutos y de penal- anotó el segundo del Tatengue y el definitivo que le dio la clasificación a los octavos por primera vez en su historia. El delantero lo consideró como el tanto "más importante" de su carrera profesional iniciada en el Tatengue, con el cual eliminó a Emelec de Ecuador. "Este gol es el más importante para mi carrera, pero no quiero dejar de resaltar la labor de mis compañeros", resaltó Márquez en rueda de prensa al término del éxito ante los ecuatorianos por 2-1 en Guayaquil.